smartBrain的研究室里科学家正开发三条腰带，正在腰带快全部完成时突然间听到警报声，并听到接连不断的枪声，一只不知明的Orphnoch把研究室里的科学家全部都杀害，并强行抢了3条腰带，原本是过着一帆风顺的人生的青年木场勇治，因为一场交通事故2年里一直处在植物人状态，正当护士宣告他正式死亡时奇迹般复活了.另一方面，真理因为收到养父的的包裹而从九州来到东京，在旅途的过程中真理遇到了Orphnoch的袭击，而为要拿回自己包裹而赶到现场，最后巧带上腰带变身为假面骑士Faiz击退了怪人...而巧与Orphnoch的战斗就从此一刻开始.....