全人类因谜般的现象而在一瞬间石化，之后过了数千年——拥有超越人类的头脑，天生的科学少年·千空苏醒了面对文明毁灭的石之世界（STONEWORLD），千空决定依靠科学的力量取回原本的世界。他召集新的伙伴，创立了『科学王国』。火、铁、电气、玻璃、手机……千空等人开始跨越从石器时代到现代文明的200万年科学史。但号称灵长类最强的高中生·狮子王司所统率的『武力帝国』却阻挡在他们面前。以净化人类为目标的司，企图利用强大的武力来阻止科学的发展——STONEWARS，就此开战！